14歳となったフリットは、スペースコロニー『ノーラ』の連邦軍基地アリンストンに引き取られていた。
7年間、基地のエンジニア達とともに研究を続けてきた彼は、ついに『ガンダム』を完成させる。
ガンダムには、機体を自己進化させる画期的な仕組み『AGEシステム』が搭載されていた。
しかし、ついに、恐れていた時がやって来る……。　UEの魔の手が、平和なコロニー『ノーラ』にまで迫ってきたのだ。
そして今、フリットは自らがつくりあげた『ガンダム』を動かして戦う。
果たして、フリットは14年もの間、一度も勝利できなかった恐るべき敵『UE』に打ち勝つことができるのか……？

25年という時が流れ、新たな世代へとガンダムは受け継がれていく。
地球連邦と、かつてUEと呼ばれた『ヴェイガン』との戦争は、終わることなく未だ続いていた。
連邦軍司令官であるフリット・アスノは、AGEデバイスを17歳の誕生日を迎えた息子、アセムに託す。
その後、アセムたちが住んでいるコロニー・トルディアはヴェイガンの攻撃を受けてしまう。
アセムはヴェイガンから、コロニーの人々を守るため、隠されたガンダムを起動する。
アセムの学校に転入してくる謎多き青年、ゼハート・ガレット。彼との出会いがアセムの運命にもたらすものとは……。

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